“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
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唐是一个因为身材肥胖而被同龄人欺负并被戏称为“巨无霸”的男孩，他想报复欺负他的人，但一个名叫梅里的幽灵突然出现，请求唐的帮助，让她与陷入困境的家人团聚。
蚂蚁战队为守护家园，与雷、仇两路人马展开圣兽力量的争夺，最后决战于炽火塔内。在圣兽感召下，蚂蚁战队逆转局势，并将敌人击退！所有人也得到圣兽力量的洗礼，心灵和实力都得到了重生，并携手向更高目标迈进。
