2050年，太平洋深处孤岛的猩红别墅里，一群失忆女孩被圈养，唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外，她在储藏室撞见尸骸，唤醒了对自由的渴望，与执念寻找失踪姐姐（编号07）的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制，以“被选中”为诱饵，推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物，安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时，甩出一枚鸢尾发夹，林溪认出是姐姐同款，探寻决心更甚。安晓自伤求医时，发现李鸣处有与自己相似的女孩照片，身世成谜。二人潜入储藏
在京都居住的内向男高中生直实（北村匠海 配音）的面前，突然出现从10年后穿越而来26岁的自己（松坂桃李 配音）。未来的直实告诉他，自己不久便会与瑠璃（滨边美波 配音）相爱，可是之后烟花大会时她却会因为一场事故意外离世。为了拯救爱人，16岁的直实卷入了这场现实与虚拟的记忆世界，经历了一系列超乎想象的事情。即使世界毁灭，我也想再见你一面。
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“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。 永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。
