本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。

故事从锦衣卫大明东厂挖掘古墓开始，大明东厂专权的年代是大明王朝最黑暗的年代，此时民不聊生，社会动荡不安，种种危机并存……　　无忧公主，出身贵胄，父亲为当朝皇叔，母亲乃江南大家闺秀，未受尘事沾染，是冰清玉洁的纯真少女。祥和、平静、幸福的生长环境造就了她天真……

雍正登基，内外交扰，边乱烽起，国库空虚，吏治腐败，朋党嚣张。西北年羹尧手握六十万大军向新皇要权要饷！八爷允祀勾联朝野,党徒遍布天下。新朝危在倒悬。为扳倒八爷党，巩固新政，雍正把李卫派到八爷党严密控制的两江任苏州织造，追查上自内务府下至苏州县贪墨大案，一进入江苏的李卫就被江苏巡抚闵靖元的暗探紧紧盯上了。。。。。。铲除了八爷党后，李卫又被派到了年羹尧统辖的西北，李卫与年羹尧一方面是生死之交的挚友，另一方面又成了政治上你死我活的对手。。。。。。