古峰（吴孟达 饰）和段海（刘江 饰）皆是苍穹派弟子，因为盗取了极乐神功的秘籍，古峰保住了段海，自己却被逐出师门。为了报答古峰，段海收养了他的儿子古玉楼（吴镇宇 饰），对其悉心教导，段海待古玉楼之好，甚至超过了待他的亲生儿子段飞（周星驰 饰）。

　画家郑板桥（王喜 饰）怀揣着报效国家的远大理想来到了扬州，期望自己能够在此施展抱负，然而现实残酷，等待着他的是不断的挫折和失败。终于，郑板桥如愿以偿进入了官场，却发现其中贪官污吏横流，完全不是他所想象的模样。在扬州，郑板桥邂逅了名为王一姐（黎姿 饰）的青楼女子，被其可怜的身世所打动，两人坠入了情网，然而这段感情遭到了王一姐之母的反对和阻挠，最终，郑板桥含恨娶了自己并不喜欢的徐氏（陈松伶 饰）为妻。在两人朝夕相处的日子里，善良温柔的徐氏渐渐获得了郑板桥的真心，可是，在一场意外中，徐氏为救郑板桥而死，临终前，她恳求郑板桥同饶五妹（胡杏儿 饰）结为夫妻。 

香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。